Die Spezifikation von PDF/A-3 wurde am 17. Oktober 2012 veröffentlicht. Beliebige Dateitypen können in PDF/A-3 eingebettet werden. Einem PDF/A-3-Dokument können auf diesem Wege zum Beispiel die Ursprungsdaten beigefügt werden, mit denen es erstellt wurde. Der Standard regelt die Archivtauglichkeit von eingebetteten Dateien, die nicht selbst PDF/A-konform sind, nicht.
PDF/A-3 eröffnet Möglichkeiten für Elektronische Rechnungen, da mit diesem Standard in einer Datei sowohl die maschinenlesbaren Daten im XML-Format hinterlegt werden können als auch die archivtaugliche PDF-Ausgabe der Rechnung. Im Juni 2014 wurde der ZUGFeRD-Standard veröffentlicht, der auf PDF/A-3 aufsetzt